最後陳水扁決定收回黨權，二○○二年謝長廷黨主席任期即將屆滿之債務協商際，民進黨全代會通過「黨政同步」黨章修房屋貸款正案，明定執政時期總統得任黨主席。陳水扁隨即出任黨主席，指派曾任閣揆的張俊雄擔任秘書長，從此黨機器全面聽從陳水扁的指揮，解決黨政不同調的難題。
馬英九二○○八年就任總統時，也標榜黨政分離，並未擔任國民黨主席。但他上任沒多久，國民黨擁有絕對多數的立法院，發生監察院正副院長、監委被提名人同意權投票案，國民黨立委跑票一事，馬英九提名的副院長人選沈富雄未過關，還一併刷下三位監委被提名人。這一役讓馬英九顏面盡失，也讓他決定控制黨機器，二○○九年以同額競選方式，當選國民黨主席。
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唐飛任期只有四個半月就下台，「全民政府」路線失敗，陳水扁「黨政分離」的主張也遇到困難。當時高雄市長謝長廷擔任黨主席，在很多政策、尤其兩岸議題上，謝長廷有自己的看法，府、黨經常不同調，府也無法指揮黨。
民進黨建黨之初，極力抨擊國民黨專制威權下黨國不分的體制，因此黨章明定黨、政、軍分離的主張。陳水扁二○○○年就職總統時，仍堅持黨政分離，且標榜「全民政府」路線，提名國民黨籍的唐飛組閣。
觀察站╱不兼黨主席 扁馬都嘗過苦果
馬英九二○一二年連任總統，二○一三年五月再以同額競選方式，連任國民黨主席；同年十一月，馬英九體系運作，國民黨通過「總統兼任黨主席」的黨章修正案，當時國民黨表示，這是希望落實以黨輔政、黨政密合的理念。國民黨等於仿照了民進黨模式，建立執政與在野時黨主席的換軌機制。
國、民兩黨的總統決定兼任黨主席之前，輿論皆有黨政不分批評。但為了貫徹指揮，提高府院黨的溝通效率，兩位執政者最後走上了同樣的路。即將就任總統的蔡英文，是否可能跳脫前任的模式，建立另一套府院黨的協調運作機制，在府、黨間找到良性互動的平衡點，考驗新總統的智慧。
總統是否兼任黨主席，藍綠兩黨總統都曾面臨這個難題，陳水扁和馬英九過去皆是一開始希望黨政分個人信貸離，不任黨主席，但後來發現無法貫徹指揮，最後選擇掌控黨機器，讓黨政運作更密合。兩黨後來也都修改黨章，規定執政時總統得兼任黨主席。
新聞來源https://tw.news.yahoo.com/觀察站-不兼黨主席-扁馬都嘗過苦果-191400075.html
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